渭南明代以前的宗教主要有道教和佛教，多为道观、寺院自发组织管理。明代，同州、华州始设道正司、僧正司，各县设道会司、僧会司，分别管理道教和佛教。清代，延续了明代州、县设道正司、僧正司和道会司、僧会司管理宗教的办法。清朝晚期，外来的天主教、基督教在境内比较活跃，其传教活动带有浓厚的殖民主义色彩，传教士多受命于国外教会。民国时期，战事频繁，国民党地方政府无暇顾及宗教管理，各种宗教均自行成立组织管理宗教活动，如基督教成立了“晋、秦、豫信义公会”，在大荔县、合阳县分别设有陕南总会和陕北总会。中华人民共和国成立后，国家实行了公民宗教信仰自由的政策。20世纪50年代，宗教界内部开展了三自（自治、自养、自传）革新运动，使天主教、基督教等彻底摆脱了外国教会的干涉，政府支持各宗教成立了自己的教会组织。1966年“文化大革命”开始后，宗教活动受到冲击，宗教管理处于停滞状态。1978年以后，国家的宗教政策得到落实，宗教管理工作逐步恢复。1984年，中共华阴市委统战部、华阴市民政局协助华山的道人，成立了华山道教协会。1987年，渭南地区民政局设有民族宗教侨务科，负责全市的宗教管理。同时，中共渭南地委统战部亦设有党派科负责宗教工作。同年3月，渭南地区基督教三自爱国运动委员会和基督教协会成立。1992年，渭南地区伊斯兰教协会成立。至1995年底，市、县两级共举办宗教教职人员学习班45期，参加学习的共2100余人次。1997年，吉祥坊体育 民族宗教事务管理局成立，与市民政局合署办公，设立了民族宗教事务管理办公室，具体负责全市的宗教管理，县级亦设人分管。1998年，在全市宗教界开展了创建文明寺观教堂活动，吉祥坊体育 清真寺、华山玉泉院、华县宁山寺、吉祥坊体育 基督教两会、韩城市基督教会等5个单位获“精神文明寺观教堂”称号。同时，依法取缔了“中华福音团契”、“门徒会”等非法宗教活动。1999年，对395处合法宗教活动场所进行了年检，举办培训班培训了864人，实施了教职人员考试考核发证试点工作，对天主教14名地下活动人员进行了教育转化，使其停止了地下活动。同时，关闭了5处非法宗教活动堂点。2000年，组织宗教界人士收看了中国外交部针对梵蒂冈所谓“封圣”活动的声明，全市宗教界一致表示坚决抵制和反对梵蒂冈“封圣”活动。9月，《陕西省宗教事务条例》颁布后，组织了广泛的学习宣传活动，举办培训班3期，共培训300人次。2001年9月，举办了学习宣传《陕西省宗教事务条例》的电视知识竞赛活动，有11个县（市、区）和5个大中型企业组队参赛。2002年，查处了大荔县、华县境内2处“安息日会”非法传教活动，取缔了活动堂点。查处了渭南师范学院外教甘浩旺境外宗教渗透问题，以及美国人柯罗娜、美籍华人赵建安夫妇以收养残疾孤儿为名进行的境外宗教渗透问题。在华县，挖出了邪教组织“门徒会”，依法取缔非法宗教活动点20处，收缴非法出版物3658本、音像制品41盒、心得笔记43本、传道工具41副，7名骨干分子交公安机关处理。另外，解决了白水县基督教、潼关县基督教和华山道教协会的内部矛盾纠纷，预防了突发事件的发生。至2002年底，全市的宗教管理工作已经形成了6项制度，即宗教活动场所年检制度：每年以县为单位，对宗教活动场所逐堂点、逐项目进行检查审核，合格的予以确认，不合格的责令限期整改；教职人员持证上岗制度：对所有宗教教职人员全面进行考试考核，合格者发证，持证上岗，否则不得以教职人员身份主持宗教活动或从事其他教务活动；教职人员“三定”管理制度：对教职人员实行定人、定点、定片管理，未经县级以上宗教主管部门同意，不得跨区域、超范围从事宗教活动；堂点规范管理制度：在宗教活动堂点建立健全了议事规则、民主管理制度、财务制度、学习制度、安全制度、文明教堂规定等规章制度，做到了宗教管理有章可循，避免了随意性；重要事项请示报告制度：宗教活动场所负责人变动要按法定程序办理变更登记手续，其他人员变动要经县、乡宗教主管部门政审合格方能变动，举办重大活动、进行基础设施建设都要事前报告，取得同意；安全防范制度：市、县两级宗教主管部门每年对宗教活动场所进行安全检查，检查防火、防盗、防房屋倒塌、防信众拥挤等方面的隐患，提出整改措施，确保安全。