在收集、接收档案的基础上，各级档案馆开展了档案整理工作，即对进馆档案，按全宗进行系统排列、编号、编目、上架入柜；对收集的零散文件进行划分全宗、分类组卷、编目等。

　1956年以前，档案整理先是由各机关、企事业单位办公室收集整理，然后交档案室装订成卷，顺序排列。

　1957至1963年，各县（市）和专区档案整理工作逐步开展，专区档案馆组织整理了1949至1956年的档案。并按国家档案局颁发的《机关文书档案保管期限表（试行草案）》的规定，重新划分确定了档案的保管期限，分为永久、长期、定期三类，分库房保管。以后进馆的档案，均按此办理。

　1977年，各县先后整理了1789个全宗，335674卷。1978年，对新接收的3700卷档案进行了整理。1980年，地区档案馆按照档案管理实行“四化”（制度化、规范化、标准化、科学化）的要求，重新整理了馆藏的档案48个全宗、27995卷，同时，对2703套资料、1562卷（册）财务档案全部整理编目。1985年，地区馆又重新整理了44个全宗、2985卷，并对破损的33个全宗、1426卷更换了卷皮，修补了破损张页，并将永久卷14149卷装入3317个卷盒内。

　1986年，地区馆对原来准备销毁的地区统计局等单位的60年代的统计表95卷重新整理。1988年至1989年，又整理修复了240卷字迹不清的档案，并对2221卷无名档案进行了分类整理编目。

　1990年至1994年，地区馆对35700卷档案重新进行了调整、排列，理顺了全宗和卷号，对破损的143卷历史档案进行了修复，并将馆藏的民国时期“陕西农改所第八辅导区”的档案材料重新整理、组卷50卷。大荔县档案馆在搬入新馆后，理顺7万多卷档案，并对1万多卷档案、1.7万册资料和1.2万张民国时期的报纸重新整理。

　1998年5月，市档案馆为加快自身建设，实现晋升省一级国家综合档案馆的目标，对馆藏的永久、短期档案进行了全面系统的理顺和调整，对满30年的档案进行鉴定、编目。重建目录64本，更换卷皮294个，整理档案6000多卷，贴号排列上架5000卷。至2002年的8年间，全市市、县（市、区）档案馆采取多种办法修复整理档案343560卷，其中更换卷皮51584卷，装订裱糊17178本。