陕西靖国军在四个多月的反陈战斗中，得到发展壮大。但因隶属部队成分复杂，纪律松弛，各自为政，号令不一。胡景翼、曹世英等高级将领及民党人士商定，派王玉堂（子元）、张庆豫（立卿）等为代表，赴上海请于右任回陕。适孙中山受西南军阀排挤，由粤至沪，王、张拜见了孙中山。于右任衔孙中山之命于民国七年（1918）7月回到三原。经各部代表开会商讨，决定组成陕西靖国军总司令部，公推于右任为总司令，张钫（伯英）为副总司令。于、张8月8日通电就职。总司令部设于三原。统一改编各部为六路，以抽签为序，第一路军司令郭坚，第二路军司令樊钟秀，第三路军司令曹世英，第四路军司令胡景翼，第五路军司令高峻，第六路军司令卢占魁，另编惠思温（又光）部为陕北游击支队，延聘李元鼎（子逸）、茹欲立（卓亭）等为顾问。

　　靖国军改组后的一段时间，各路军都有较大发展。郭坚与杨虎城从蒲城县兴镇向省西疾进。杨部中途受阻，回师向东攻克韩城。郭部经耀县、礼泉攻占省西十余县。弓富魁亦率部西去，分驻扶风、岐山等地。高峻部收复合阳。胡景翼部在上涨渡之战大败陈军，夺马驹寨，逼近零口。张钫设营于商洛的第二路樊钟秀部，一度曾出渭南占领潼关；8月，出蓝田攻占户县，进军周至，并协助郭坚降服凤翔守军魏晋先（张钫旧部）。靖国军的辖区已遍及关中各地。9月18日，胡景翼在渭南故市被陈树藩劫禁西安，靖国军第四路军官兵对陈树藩极大愤慨。

　　此时全国虽然处于南北对峙状态，但对陕西都在力争，因此各派援军相继入陕。云南靖国军第八军军长叶荃（相实）、鄂军王安澜、川军熊锦帆、石青阳、颜德荃等先后率部入陕。陈树藩为解脱困境，除再次向北洋政府紧急呼援外，双“请”井勿幕、彭仲翔以调解人身份前往三原，意欲收束胡景翼部，以作缓兵之计。井原是民党重要领导人，后被省长李根源任命为关中道尹，实际上是被陈树藩羁绊。井、彭到达三原，井即被推任为靖国军总指挥，彭任总司令部军务处处长。

　　11月初，援陈的北洋军阀各部相继进入陕西，其中晋军一旅约3000人，从禹门口入陕，不战而据韩城、合阳，其余各军分从西、南两个方向进入。使当时在陕的南北各军人数达20余万。兵连祸结，战争不断，人民处于水深火热之中。11月中旬，井勿幕赴凤翔慰问援军叶荃部，并拟召开军事会议商讨进攻西安的军事计划，不幸于21日，被郭坚部内奸李栋才杀害于兴平县南仁村，时年31岁。围攻西安之决议，因北洋政府援陈部队相继增加而落空。

　　北洋军队的大批集结，靖国军在极其不利的形势下，进行了顽强激烈的战斗。西路的第一、二、七路军力不胜支而先后败退。中路军的三、四路主力及从西路撤回的第一路军部分士兵，协力作战，奋勇对敌。交口、相桥之役，激战月余，直军张锡元被迫于民国八年（1919）3月27日订约休战。关山之役姜宏谋败退故市镇，直至双方达成停战协议。

　　孙中山被迫辞去军政府大元帅职，出走上海之后，军政府改组为七总裁制，实际上已成为南北军阀勾心斗角的工具。民国八年（1919）2月20日，在五国公馆的干涉下，南、北和议代表唐绍仪、朱启钤在上海会议划界。5月，陕西划界基本结束，靖国军所统辖的地区，仅有三原、泾阳、高陵、富平、白水、蒲城、澄城、同官（铜川）等八个县的全部或一部，形成隔渭河与陈树藩南北对立的局面。

　　靖国军在其辖区内行使行政管理权。总司令部明令禁止北洋政府所订的各项苛捐杂税，撤销盐禁，推行调节民食政策，严禁烟毒，制裁农村豪绅地主高租、高利盘剥，恢复和发展交通运输，利商贾、活贸易，休养生息，恢复经济。在三原建立新的省议会，与陈树藩、刘镇华所把持的省议会相抗衡，借以扩大政治影响。靖国军区域内实行政治言论和学术自由。在“五四”运动的影响和促进下，学生运动蓬勃兴起，宣传新思想、新文化，宣传俄国社会主义革命的伟大意义。在俄国十月革命纪念日，许多学校公演话剧《列宁传》等。靖国军的一些高级领导人，还带头参与了这些活动。靖国军还注意培养军政人才，各军普遍设立了军事教育和普通教育机构，各部也很注意提倡地方教育事业，大兴军人办学之风。先后建立了三原渭北中学、三原女子学校、富平立诚中学等，新创立的小学达17所。靖国军区域内，也很重视办报纸，计有：《战事日报》、《启明日报》、《正义日报》、《救国日报》、《捷音日报》等。传递时事消息，宣传革命主张，介绍中外各派政治思想及社会主义学说，分析和评论政治形势，在省乃至国内颇有影响。

　　民国九年（1920）夏，陕西发生特大旱灾，靖国军的辖区尤为严重。于右任总司令与刚刚被释归的胡景翼等人，奔走呼号，筹办赈济，先后向国内各地慈善团体和社会各界人士募款70万元，在渭北20余县发放赈款11次，使大量灾民得以保存生命。十年（1921）秋，靖国军总司令部支持三原各界成立渭北水利委员会，利用救灾赈款余额，举办引泾钓儿嘴水利工程，公推李仲三为会长，李仪祉为总工程师，负责工程设计、勘测，为以后杨虎城主陕完成引泾灌溉工程奠定了基础。

　　民国十年（1921）5月，北洋政府调陈树藩入京任祥威将军，令直系吴佩孚部阎相文督陕。陈不服调遣。6月，阎相文率直军第二十师及冯玉祥的第十六混合旅（后改编为第十一师）、吴新田的第七师先后入陕。陈树藩进军咸阳，企图凭河固守。然陈军士无斗志，一触即溃，陈树藩仅率少数部队逃溃汉中。阎相文为了笼络人心，对各方表示宽大。相继邀请靖国军各路将领赴省会晤。8月13日，冯玉祥利用宴请将郭坚杀害。22日，阎相文因直系军内矛盾激化而自杀，北洋政府任冯玉祥为陕西督军。冯玉祥利用驱陈胜利的时机，加紧促使靖国军受编。一时往返西安与三原间信使络绎不绝。靖国军内部胡景翼、曹世英、高峻等各路将领主张受编，以保存实力；于右任总司令则极力反对，并晓谕各方，但终无效用。靖国军一、二路军早受奉军收编，六路军随云南靖国军叶荃部入川，其余三、四、七路军皆受冯玉祥改编。稍后，第五路军高峻部亦受刘镇华改编。9月25日，胡景翼通电取消靖国军。十一年（1922）1月17日，胡下令包围靖国总司令部，查封了办公室。于右任率参佐人员避居于淳化县方里镇曹世英之部下于鸣岗（凤千）营。靖国军总司令部全部解体。

　　在靖国军各路司令相继接受奉军、直军改编的过程中，惟有第三路军第一支队司令杨虎城始终反对受编，坚决表示要把靖国军的旗帜坚持到底。并派参谋韩望尘敦请于右任到其部队驻地武功县，恢复靖国军总司令部。3月23日，于右任偕李元鼎、茹欲立进驻武功。复设靖国军总司令部于凤翔，并设行营于武功。升任杨虎城为靖国军第三路军司令，李夺为第一路军司令（郭坚被杀后，其部属李夺、麻振武等复归靖国军）。此时直奉战争又起，冯玉祥率部出关，刘镇华代署督陕，乘敌军调动之际，于右任指挥杨、李两部，浴血奋战，苦战数十天，打了几次胜仗，但终因势单力薄，不得已而弃武功。5月11日，于、杨权衡形势，商定于取道甘南、四川入沪，杨率部撤退北山保存实力。5月29日，杨部由凤翔县田家庄出发，经三原、富平、耀县等地，转战二千余里，进入陕北镇守使井岳秀（崧生）的防地，从事整休。于右任率参佐人员于5月31日离凤翔，入川至重庆赴沪。于、杨去后。李夺、麻振武部势力孤单，被刘镇华收编。至此，坚持了四年多的靖国军，由于政治上、组织上的软弱涣散和内部的许多矛盾，以及北洋军阀强大的军事围攻和政治分化，终于失败了。